克尔凯郭尔开始思考这样一个问题，即他自己同时作为一个基督徒和一个天才，能够在上帝的事业中发挥怎样的作用。在《论天才和使徒的差别》一文中，他区分了三种不同类型的基督徒：使徒，真理的见证人，教士。所谓使徒，是一类极为特殊、极为罕见的人，是被上帝赋予了作证权威的基督徒；他认为甚至路德也不能称之为使徒。所谓真理的见证人，即是他在关于"重复"的讨论中所指出的，是那些用自身'行动去体现自身思想的人，其特征是为了基督的福音而遭受痛苦。既然存在着这种区别，那么，一位天才可能在两者之间选择做什么人呢?按照克尔凯郭尔自己的定义，天才秉有大量天生的智慧，但未能秉有上帝赋予他去作证的权威。这就是说，天才不可能是使徒。

　　克尔凯郭尔知道自己不是使徒，至少，他从未把"使徒"一词用到自己身上。但是，他这样一位天才极为独特的一生，却表明他有条件做真理的见证人。他的一生正是这样，一开始是现实与思想的混淆，继而升华到行动与思想的和谐；正是用自己的行动去体现自己的思想，去与自己的思想纠缠；并正是在这种自我纠缠和自我锤炼中才得以成就了自己的天才。他那不可思议的人生也别无其他含义，只能是意味着他是在为上帝的事业遭受痛苦。凭着他不可思议的人生和思想，也许，他克尔凯郭尔负有一种特殊的使命，也多多少少秉有某种权威性，虽然他不敢妄称使徒，但也要怀着特殊的使命感，去为上帝的事业献身。

　　"那上帝毕竟不是要去理解，而是要去行动，在行动中把握上帝。"在一切都失去之后，在一切都做了之，该发生的，就让它发生吧!1850年9月27日，克尔凯郭尔出版了《基督教的锤炼》，它的基本思想是要求恢复原始基督教的意义，要人们去与基督"同时"，同在。它实质上是对当代基督徒的批判，是他反对丹麦国教会、反对以明斯特为代表的丹麦教士的宣言。然而，他的锋芒尚未尽显，仍然隐藏在学术著述的形式后面。这整个事情中间，横直着他与明斯特主教一种特殊的感情。

　　对于克尔凯郭尔来说，明斯待主教是他生活中一位极为重要的人物。主教是当时风行丹麦的"牧师一文化"创始人。在他身上，综合了基督教虏信派的倾向，以及浪漫主义时代文化生活的冲动。作为一位思想家，他强调宗教和信仰是人类天然的内驱力，这种内驱力与诸如艺术、科学等其他文化形式一道，构成人类一般文化形态中的根本自然环节。他不同意黑格尔哲学及其观念，认为它不能协调和规范生活中的诸般差异，尤其无法与基督教相和谐。1839年他出版《超自然主义一浪漫主义》一书，主张人必须在两种选择中作出决断：或者相信理性，或者相信神!换句话说，他提出了一种"或此或彼"!

　　从童年时代起，主教就是他家沙龙中的常客。他曾是他们家的家庭牧师，也是他父亲老克尔凯郭尔的宗教顾问。父亲曾受到主教深刻的影响。克尔凯郭尔本人也不完全例外。他很清楚，他自己的天性里也有着虏信和文化两种冲动；不仅如此，他还从主教那里受到表达风格和方式的熏陶；他对黑格尔的各种讨论与主教的思想工作有着承继关系，尤其是坚定地采用了"或此或彼"这一具有判定意义的术语。

　　严格说来，克尔凯郭与主教之间本来有着特殊的关系。尤其是父亲死后，他对主教的感情一度格外加深。就在1847年他还写道："光荣归于明斯特主教。在我所钦慕的人当中，没有一个活着的人能比得上他。他总是令我愉快地想起我的父亲。"在明斯特那方面，他对克尔凯郭尔格外多一分关注，特别注意他的写作工。他渐渐发现，这位世交之子的思想偏离了基督的精神，在滑向一条危险的道路。他开始以一种冷淡和严峻的怀疑态度疏远克尔凯郭尔，当他上门拜访，也不像过去那样善加接待。

　　1847年11月4日克尔凯郭尔拜访主教受到冷淡，他在日记中作了认真的分析，他认为是自己的写作震惊了主教，从而导致了分歧，他把那一天的事件称为"痛心的瞬间"，并从中感到战斗前的生命力和愉悦。也许，两人之间分歧的出现，使他得以能用更客观的眼光去衡量主教的言行。他认为主教是在向眼下的时代作出妥协，试图让基督教适应时下人们追求物质利益的世俗欲望，用温和的理性主义去调和严峻的基督教教义。而且，主教自己的生活方式也显示出异教徒和唯美主义者的倾向。"乱世构成了对于人类生活的考验，其作用即在于此，而明斯特是一条没有罗盘的船。"然而，在他的批评中仍然搀杂着个人深深的敬爱："但是我爱明斯特主教，我唯一希望的是做任何能够增进其声望的事情；我推崇他，而且从人类的立场上讲，我将一如既往；我每一次得以增加他的利益时都会想到我的父亲，我相信这会使他感到快活的。"在教会事务方面，很久以来，明斯特就一直小心翼翼回避克尔凯郭尔，特别注意不让他涉足教会内部事务。相反，对于克尔凯郭尔所不喜欢的马膝森教授，明斯特却格外欣赏。

　　1849年，马滕森升任神学教授，大有作明斯特接班人的势头。如果理解克尔凯郭尔独特而不幸的一生，尤其是他与他父亲的本质上是痛苦的复杂关系，那么就不难理解，在他与时代和人群的这场斗争中，明斯特主教是一个多么意味深长的生命难题。在争取《基督教的锤炼》出版时，克尔凯郭尔曾交给主教一份手稿，其中攻击了主教和马膝森教授，并写有一句异乎寻常的话："我希望并期待在本书得以出版时，我们俩人中会有一人已死去。"人们难以确切判断克尔凯郭尔内心痛苦的神秘性质，然而可以大致揣想其沉重的分量。毕竟，那是一个生与死的问题。一方面是欲与时代和人群抗争，置之死地而后生的决心，另一方面是一种与先父密切相联的"忧郁的忠诚"--特别应当考虑到，他当时的处境(包括经济条件)几乎已经山穷水尽。我们不知道当时这位跨世纪的精神分析大师是怎样分析这一难题。只是从明斯特死后他写下的一则日记中，我们得知那的确是他心中一个生与死的问题。正是这种困扰了他一生的生死问题，使他迟迟未能向主教发起最后的攻击，而试图等待主教自我彻悟，自行改进：我最初的愿望是要把我的一切全部改造成明斯特的胜利。……这事不是为了我自己，所以我曾想此事应当巧安排……自从我们中间潜藏着一个误解以来，我就希望，我至少能够在他有生之年成功地避免攻击他，但是我想那样我会比他早死的。然而我还是死里逃生了，真是死里逃生，……1854年1月30日，明斯特主教死了。4月15日，马膝森被任命为明斯待的继承人，就任哥本哈根所在地西兰岛的大主教，在明斯特的葬礼上致悼词，赞扬他是一位"真理的见证人"。

　　一切都是那么自然!对于克尔凯郭尔来说，没有人比他更有资格谈论"真理的见证人"了。行动的时刻到了，只是还须选准时机。马滕森新被任命，要暂时忍耐，要避免误会，在这紧要关头尤其不能草率从事。12月18日，《祖国》杂志发表了他早已写就的文章《明斯待主教是"真理的见证人"、"真正的真理的见证人"之一吗?--那是真理吗?》。文章立刻在人群中激起巨大的义愤，'已是那么肆无忌惮地珐污了关于主教的美好记忆。众多抗议文章纷纷见报。马滕森则用宽厚的口气提到克氏文章"结构松散和马马虎虎的风格"，以此回击那气势汹汹的攻击。

　　克尔凯郭尔则全然不加理睬。《祖国》杂志接二连三出现他扣人心弦的文章，数量多达二十一篇，战火从明斯特逐渐扩大到整个丹麦国教会。人们被激怒到如此程度，不少人开始向政府提出要求，希望能够出面干预和制止。5月24日，《既然非说不可；那么现在就说》发表，他主编的《瞬间》第一期也在这一天出版，在关于此事的日记中，他已经在考虑"灾难性的后果"了：

　　莫非上帝的意志是要我不惜一切地制造一场大灾难，以使我被捕、受审，可能甚至还要被处死。我从心底担忧，如果我做不到这点，会不会抱憾终身，……

然而，我不得不把这些疑问留给上帝。9月25日，《瞬间》第九期发行，其中采用了如此激烈的语言：牧师是吃人的人，事实上也是最可恶的一类人。也就是在这一天，在"生活在凡谷即意味阗要做一个基督徒"的标题，他留下了他一生最后一篇日记。这篇日记绝非偶然地代表了他一生最高的精神境界。如果不在此时此刻，人们未必容易体会其中无边的痛苦、绝望的悲哀；未必容易感受其中坚定的信仰，良苦的用心；未必容易领悟其中卓绝的表达，精深的含义：生活在几俗的目的就是要使我们进到最高层次的厌世(taediumvitae)。那能达到厌世的人或者说那在上帝的帮助下能坚持这一思想的人，即正是上帝以他的爱而使他达到这点的人，在基督教的意义上，已经经受住了生活的考验，已经变得成熟而进入永恒之境。我曾犯有违逆上帝的罪行。这一冒读之举在一定意义上不是我本人的，但它是与生俱来的，使我在上帝眼中有罪。与这冒读相应的惩罚是：被剥夺了一切生活的情欲，而被引至最高层次的厌世。人总想模仿上帝的工作，即使不是从无中创造人类，至少也要传种接代。"你必须为此付出代价，因为你在今世的目的是-- 以我的仁慈(我只向那些得救的人显示我的仁慈)-- 把你引向最高层次的厌世。"大多数人如今已丧失灵性，远离圣恩，这种惩罚已经不适用他们了。他们已丧失了今世的生活，所以执著于今世的生活；他们原本就是虚无，所以成了虚无；他们虚度了此生。那些持有一些灵性，没有被圣恩所忽视的人被引入一种境界，在这种境界里，他们体验到那最高层次的厌世。但是他们不能使自己和那种境界协调起来，因此反叛上帝，等等。只有那些被引入厌世的境界的人能够在上帝圣恩的帮助下，坚信上帝依着爱行事，所以在他们的心灵里，甚至在他们心灵的最幽深处，对于上帝是真爱，不存有丝毫的怀疑：唯有这些人才是成熟到可以进入永恒之境的人。上帝在永恒之境将要接纳的正是这些灵魂。上帝想要什么呢?不过是想要灵魂会赞美、崇拜、称颂和感谢他--这些都是天使的事情--罢了。至于那一类货色--所谓"基督教军团"--为了十个银币就大声咆哮，并吹响小号表示对上帝的敬奉和赞美，是得不到他的宠爱的。可是天使却使他愉悦。而那比天使更能愉悦他的是人，当上帝仿佛变得绝对冷酷无情，并且有预谋地极其残酷地剥夺他对生活的任何依恋时，那人坚持信仰上帝是爱，上帝对他所做的一切都是出于爱。那人将成为一个天使。在天堂里赞美上帝对于他将是一件轻松自如的事情；但是众所周知，学徒和求学的时候总是最艰苦的。上帝端坐天堂侧耳细听，如同一个人为了听到歌者用完美无缺的嗓音歌唱一样!一旦听到那被他引入厌世之境的人赞美他，上帝便自语道：啊，就是这副嗓音!他说"就是它"，仿佛是一个发现；而实际上他早有准备，因为他自己早已出现在那人面前，并且亲近他，帮助他，上帝能帮助他的，是仅在自由的范围里能够实现的一切；只有自由意志才能实现这一切；但是妙就妙在能用称谢上帝的方式表达自己，仿佛是上帝完成这一切的，妙就妙在那人能快乐地做到这一切而甚感幸福，以至听不到任何东西，任何关于那一切出乎他自己所为的东西，只是满怀感激之情，把一切归于上帝，祈祷上帝，一如既往：一切皆上帝所为，所以那人不信自己，只信上帝。

　　10月2日，克尔凯郭尔从银行取出他最后一笔存款，在走到街上时突然中风倒下，并被送往腓特烈医院。在那里，他已意识到自己末日的来临。他说："我是来这里死的……"。在那些最后的日子里，他甚至拒绝了长兄彼得的探视。唯一经常陪伴他的，是他一位青年时代的朋友波埃森。他对波埃森说："我愿意死，我相信我已完成了任务。"弥留之际，波埃森问他是否想对公众讲点什么，他迟疑片刻，然后说："……我问候所有的人；我一直对大家非常关心；告诉他们，我的生活是一个巨大的痛苦，对此，许多人不知道，并有种种误解；……我并不比其他人好……"。然而，他拒绝收回关于教会所说过的话，也拒绝从一位教士手中领取圣餐，他说："静谧，这是我们心中仅存的一丝基督教义。"他用毕生生命锤炼而成的精神力量保持着巨大的安宁，等待着那最后的一刻。

　　1855年11月11日，索伦·克尔凯郭尔与世长辞。